Este snippet embaralha uma array:

function embaralhar(array) {
	var indice_atual = array.length, valor_temporario, indice_aleatorio;

	while (0 !== indice_atual) {

		indice_aleatorio = Math.floor(Math.random() * indice_atual);
		indice_atual -= 1;

		valor_temporario = array[indice_atual];
		array[indice_atual] = array[indice_aleatorio];
		array[indice_aleatorio] = valor_temporario;
	}

	return array;
}

Seu uso:

var minha_array = [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 0];
embaralhar(minha_array);
-> [6, 7, 5, 2, 8, 1, 0, 4, 9, 3]